巧克力囊肿手术对卵巢伤害有多大，一般需要根据手术的类型进行判断。常见的巧克力囊肿手术包括子宫及附件全切手术、巧克力囊肿穿刺引流手术、巧克力囊肿病灶剥离术等。

1、子宫及附件全切手术：如果进行的是这种手术，术后通常会使女性的卵巢全部切除，导致卵巢功能完全丧失。

2、巧克力囊肿穿刺引流手术：如果进行的是这种手术，术后通常会使女性的卵巢功能下降，出现月经异常的现象。

3、巧克力囊肿病灶剥离术：如果进行的是这种手术，术后通常会使卵巢的皮质受到损伤，导致卵巢功能下降。

进行巧克力囊肿手术后，女性需要养成良好的生活习惯，多进行休息，保证充足的睡眠。同时，还要多吃绿叶蔬菜和水果，如韭菜、芹菜、菠菜以及香蕉、柚子、猕猴桃等，以帮助身体恢复。